도급공사 : 감리사가 작성한 공정률의 인정 여부

시공사로부터 통보받은 도급공사의 작업진행률 산정방식에 오류가 있다고 보아 감리사가 작성한 공정 확인서상의 기재된 공정률을 근거로 작업진행률을 재산정하여 익금, 손금 산입한 처분에 대해,

 

감리사가 산정한 공정률은 법인세법상 작업진행률을 완벽히 대처한다고 볼 수 없으며, 아파트 분양사업을 하는 청구법인이 일부 건설 공사를 시공사에게 도급을 준 경우 해당 공사는 시공사의 공사진행률을 근거로 산정하는 것이 더 합리적으로 보여집니다.

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조심 2024중2922(2025.02.04) [제목] 청구법인이 시공사로부터 통보받은 도급공사의 누적작업진행률에 산정방식에 오류가 있다고 보아 감리사가 작성한 공정확인서상 기재된 공정률을 근거로 작업진행률을 재산정하여 분양수입·공사원가를 익금·손금 산입한 처분의 당부 [요약] 감리사의 공정확인서는 그 업무를 수행하기 위하여 작성된 것으로 작업진행률을 완벽히 대체한다고 보기 어렵고 쟁점사업과 관련한 사정에 비추어 시공사가 산정한 공사진행률에 명백한 오류가 있다고 보기는 어려우므로 쟁점사업의 작업진행률을 재계산하여 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있음 [처분개요] 나.청구법인은 A건설로부터 2022년말까지의 도급공사의 누적 작업진행률(공사원가 기준)이 88.25%라는 자료를 통보받아 이를 근거로 쟁점사업의 총 작업진행률을 84.4%로 산정하여 분양수입을 OOO원, 공사원가를 OOO원으로 하여 2022사업연도 법인세를 OOO원으로 신고하였다. 다. 중부지방국세청장(이하 "조사청"이라 한다)은 2023.10.17.부터 2024.1.8.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, A건설이 수행한 도급공사를 감리한 감리사들이 작성한 공정확인서에 기재된 공정률(96.03%)을 근거로 쟁점사업의 총 작업진행률을 92.03%로 산정하여 분양수입 OOO원을 익금산입하고, 누락한 공사원가 OOO원을 손금산입하는 내용 등의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2024.2.7. 청구법인에게 2022사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

 

 

처분청은 A건설이 청구법인에게 통보한 도급공사의 공사진행률을 신뢰할 수 없다고 보아 감리사가 작성한 공정확인서를 근거로 작업진행률을 산정하였으나, 감리사의 공정확인서는 감리사의 업무(곧, 시공자가 설계도서에 맞게 시공하는지 여부의 확인 등「주택법」제44조 소정의 감리사의 업무)를 수행하기 위하여 작성된 것으로 감리사가 산정한 공정률이「법인세법 시행령」제69조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제34조 제1항 제1호 소정 작업진행률을 완벽히 대체한다고 볼 수 없는 점(조심 2021광3623, 2022.3.21., 같은 뜻임),

 

 처분청은 입주 전 사전점검을 14일 앞둔 2022년말 시점 시공사에서 통보한 공사진행률이 88.25%에 불과하다는 사정을 들어 이를 근거로 산정한 작업진행률을 신뢰할 수 없다는 의견이지만, 처분청이 구체적으로 시공사에서 도급공사와 관련하여 발생한 공사비를 누락하였는지 여부에 대해 확인하지 아니한 채 과세처분을 하는 것은 일반적으로 과세요건사실에 대한 입증책임을 부담하는 과세관청의 책임을 다한 것으로 보기 어려운 점, 「주택법 시행규칙」제20조의2 제1항에 따르면 사전점검의 기준일은 '공사 준공시점'이 아니라 '주택공급계약에 따른 입주지정기간 시작일'이고, 경기도 성남시장은 쟁점사업과 관련하여 사전점검 미비에 대한 시정요청 공문을 발송한 것으로 나타나는바 시공사에서 산정한 공사진행률에 명백한 오류가 있다고 보기는 어려운 점,

 

 아파트 분양사업을 하는 청구법인이 일부 건설공사를 시공사에게 도급을 준 경우 해당 공사에 대해서는 시공사의 공사진행률을 근거로 작업진행률을 산정하는 것(대법원 2014.2.27. 선고, 2011두13842 판결, 참조)이 타당해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 감리사의 공정확인서상 공정률에 근거하여 쟁점사업의 작업진행률을 재계산하여 청구법인에게 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.